白話解讀
電子發票開立之後，資料要傳到財政部電子發票整合服務平台「存證」，這一步有期限，而且從 114 年起營業稅法對逾期上傳有明文罰則。期限是這樣算的：買方是一般消費者，自發票開立（或更正、作廢、開立折讓證明單）的翌日起算 2 日內；買方是營業人（公司行號），翌日起算 7 日內。空白未使用的字軌號碼、總分支機構的配號資料，則是每兩個月一期、次期開始 10 日內上傳。最容易踩雷的一點：期限最後一天碰到週六、週日或國定假日，不會順延。
折讓也有新規定。開了電子發票之後發生退貨或折讓，折讓證明單要由賣方以電子方式開立、傳輸，並在同樣的期限內上傳存證，不能再用紙本折讓單處理。而且電子發票的開立、更正、作廢、退回或折讓，都要經買方同意，營業人要把同意的訊息和相關證明文件至少保存 5 年。
逾期的罰則是 1,500 元以上 15,000 元以下，限期補正後仍未補正或補正不實，可以按次處罰。但不是每次逾時都會被罰：國稅局第一次通知限期補正、你依限據實補正，免罰；在被檢舉或被通知之前自己先補傳，也免罰，而且不列入違章次數。所以收到平台的逾時通知，第一時間補傳比什麼都重要。
專業解讀
①法源：加值型及非加值型營業稅法第 32 條之 1 第 1 項，以電子方式開立、傳輸電子發票者，「應依規定時限將其開立電子發票及相關必要資訊傳輸至財政部電子發票整合服務平台存證」；第 4 項，傳輸時限與資訊範圍由財政部公告。②時限表（財政部 113.12.12 台財稅字第 11304654280 號公告「營業人開立電子發票應傳輸至財政部電子發票整合服務平台存證之資訊範圍及時限表」，114.1.1 生效）：營業人名稱統編、應記載事項、更正作廢資訊、銷貨退回進貨退出或折讓證明單——買受人為營業人者「自發票開立、更正、作廢或開立銷貨退回、進貨退出或折讓證明單之翌日起算七日內」，買受人為非營業人者「翌日起算二日內」；空白未使用字軌號碼及總分支機構配號資訊「每二月為一期，自次期開始十日內」；因不可抗力或不可歸責營業人之事由不能依限存證者，「得於事由消滅之翌日起算三日內，向所在地稽徵機關申請可補正時限」；說明二：「存證期間之末日為星期六、星期日、國定假日或其他休息日者，不予延長。」③折讓單：統一發票使用辦法第 20 條之 1 第 1 項，開立電子發票後經買賣雙方合意銷貨退回或折讓，「應以網際網路或其他電子方式開立、傳輸或接收」證明單，並應有存根檔、收執檔及存證檔。財政部賦稅署 113.12.18 新聞稿說明，存證時限維持 2 日／7 日不變，並「修正折讓單應由賣方營業人以網際網路或其他電子方式開立並依規定時限傳輸存證」；折讓單之輔導期為 114.1.1 至 114.6.30，已屆滿。④買方同意與保存：電子發票實施作業要點第 9 點：「電子發票之開立、更正、作廢、銷貨退回或折讓，應經買受人同意，營業人並應留存該同意訊息與相關證明文件，至少保存五年。」第 3 點第 2 項，以網站、電話或其他電子方式合意銷退折讓者，系統須具加解密或其他資訊安全措施，並依第 9 點保存五年。⑤罰則：營業稅法第 48 條之 2，未依時限或未據實傳輸存證者，除通知限期補正外，得處一千五百元以上一萬五千元以下罰鍰，屆期未補正或補正不實者得按次處罰。⑥免罰：稅務違章案件減免處罰標準第 16 條之 3：「一、營業人經稽徵機關第一次通知限期補正，已依限並據實補正。二、營業人於未經檢舉、未經稽徵機關通知限期補正或財政部指定之調查人員進行調查前，已據實傳輸存證；其免罰不計入第二十四條第一項第一款規定之違章次數。」實務眉角（我們補充）：①B2C 的 2 日期限遇連假最危險，建議上傳排程設成開立當日自動上傳，並每天檢查傳送結果，而不是週末前才批次補傳；②折讓單改由賣方開立之後，買方公司要確認自己收得到收執檔，才能據以扣減進項稅額；③「同意紀錄保存五年」是營業人自己的舉證責任，網站勾選、電話錄音或 E-mail 都要能調得出來。
來源與法源
- 營業稅法§32-1①④（依時限傳輸存證）
- 財政部113.12.12台財稅字第11304654280號公告（存證資訊範圍及時限表，114.1.1生效）
- 統一發票使用辦法§20-1（電子折讓證明單）
- 電子發票實施作業要點第3點、第9點（買受人同意；保存五年）
- 營業稅法§48-2（1,500～15,000元，得按次處罰）
- 稅務違章案件減免處罰標準§16-3（免罰）
- 財政部賦稅署113.12.18新聞稿
- 財政部113.12.12台財稅字第11304654280號公告（存證資訊範圍及時限表） https://law-out.mof.gov.tw/LawContent.aspx?id=GL011540
- 財政部賦稅署113.12.18新聞稿：自114年1月1日起電子發票相關資訊應依規定時限據實傳輸存證 https://www.dot.gov.tw/singlehtml/ch26?cntId=92588e5cc8a344c4ac560de582214ea0
- 加值型及非加值型營業稅法第32條之1 https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawSingle.aspx?pcode=G0340080&flno=32-1
- 加值型及非加值型營業稅法第48條之2 https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawSingle.aspx?pcode=G0340080&flno=48-2
- 統一發票使用辦法第20條之1 https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawSingle.aspx?pcode=G0340082&flno=20-1
- 稅務違章案件減免處罰標準第16條之3 https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawSingle.aspx?pcode=G0340040&flno=16-3
- 電子發票實施作業要點（財政部主管法規共用系統） https://law-out.mof.gov.tw/LawContent.aspx?id=FL041411