白話解讀
台灣的公司從有簽租稅協定的國家取得權利金、利息、股利，協定通常訂有優惠的上限稅率。但優惠不會自動生效——要主動向對方國家申請適用。如果沒申請，對方就按他們國內法的一般稅率扣繳，你被多扣的那一段，回台灣申報時不能列為國外稅額扣抵。臺北國稅局 115 年 9 月的案例把代價講得很清楚：某公司取得日本權利金收入 2,300 萬元，被日本扣繳 380 萬元；但台日租稅協定對權利金訂的上限稅率是 10%，也就是應該只被扣 230 萬元。中間多繳的 150 萬元，因為是「未適用協定而溢繳」，台灣這邊不准扣抵。那這 150 萬能不能跟日本要回來？要，但得在對方國家的退稅期限內、依對方程序申請，跨國退稅的時間與成本都不低，而且期限一過就真的沒了。所以正確的做法是在對方扣繳之前就把協定適用辦好，而不是事後補救。另外提醒，扣抵本身也有天花板：扣抵數不得超過因為加計國外所得而依國內稅率計算增加的應納稅額。
專業解讀
①不得扣抵之明文：適用所得稅協定查核準則第 36 條第 2 項原文：「依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得，或訂有上限稅率之所得，不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。」②扣抵之一般規定與限額：所得稅法第 3 條第 2 項原文：「營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，並取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機構之簽證後，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。」③申報應檢附之文件：同準則第 36 條第 1 項原文：「中華民國之居住者依所得稅協定有關消除重複課稅之規定申報國外稅額扣抵，應於辦理所得稅結算申報時，檢附他方締約國稅務機關出具載有所得年度、項目、金額、適用稅率及已納稅額之納稅證明，其扣抵之限額及計算方式，依所得稅協定、所得稅法、所得基本稅額條例及相關法令規定辦理。」④個案數字（臺北國稅局 115.9.24 新聞稿原文照抄）：權利金收入 2,300 萬元；日本可扣抵稅額 380 萬元；協定上限稅率 10%；應扣繳 230 萬元；溢繳 150 萬元。⑤我們的試算交叉驗證：2,300 萬 × 10% ＝ 230 萬元；380 萬－230 萬 ＝ 150 萬元，與新聞稿所載相符。⑥協定條號：新聞稿載為台日租稅協定第 12 條第 2 項（權利金）；我們未逐字核對該協定條文原文，引用前請另行查證。實務眉角（我們補充）：①協定優惠須於他方締約國依其程序事先申請（通常須提出我國稅務機關核發之居住者證明），流程應在合約簽署與付款安排階段就啟動；②溢繳部分之救濟途徑為向他方締約國申請退還，受其國內法退稅期限拘束，逾期即無法回收；③扣抵限額之計算以「加計國外所得後增加之應納稅額」為天花板，海外所得占比高時實際可扣抵數常低於已納稅額。查核狀態：條文依全國法規資料庫（pcode=G0340003 §3；pcode=G0340125 §36）核對，我們 115.9.25 查閱。
來源與法源
- 適用所得稅協定查核準則§36②（未適用協定溢繳不得扣抵）
- 適用所得稅協定查核準則§36①（應檢附納稅證明）
- 所得稅法§3②（扣抵限額）
- 台日租稅協定§12②
- 臺北國稅局115.9.24新聞稿（個案數字）
- 適用所得稅協定查核準則第36條 https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawSingle.aspx?pcode=G0340125&flno=36